Das Gebäude in der ul. Świętoduska war, bevor es ein Kloster wurde, ein Renaissance-Wehrgutshof, der dem Wojewoden Rafał Leszczyński, dem Führer der Lubliner Calviner, gehörte. Das Gebäude, das in den Jahren 1619-1622 von Jakub Balin erbaut wurde, kauften die Karmelitinnen und bauten es in den Jahren 1630-1635 zu einem Kloster um. Zwischen 1636 und 1644 wurde die zum Kloster gehörende St.-Josef-Kirche errichtet, die von Katarzyna Ligęzina aus der Familie Kretkowski gestiftet wurde. Die schmale, turmlose Fassade, deren Spitze mit Voluten verziert ist sowie die Stuckverzierungen im Kircheninneren stellen Überreste des Lubliner Renaissance-Stils dar.

Im Jahr 1807 wurden die Karmelitinnen in das Kloster auf der ul. Staszica übergesiedelt, die Anlage auf der ul. Świętoduska hingegen wurde den Unbeschuhten Karmeliten zugeteilt, deren Kloster in der Krakauer Vorstadt (heutiges Rathaus) einiger Jahre vorher abgebrannt war.

Nach der Kassation des Ordens im Jahr 1864 hatte sich hier die russische Armee niedergelassen, gegen Ende des 19. Jahrhunderts wiederum wurde das Klostergebäude zum Gefängnis umfunktioniert. Zur Wende des 19./20. Jahrhunderts wurde das Gebäude renoviert, wovon die Neorenaissance-Attika auf dem Glockenturm sowie die Sgraffiti auf der Kirchenspitze zeugen, die von dem Maler Władysław Barwicki erstellt wurden. Im Jahr 1917 haben die Karmeliten einen Teil, im Jahr 1988 dann den gesamten Gebäudekomplex zurückerhalten.

Die Kirche verfügt über eine barocke Innenausstattung.