Kościół i klasztor został wybudowany w latach 1636-1658 z myślą o bernardynkach, sprowadzonych do Lublina na początku XVII w. Obie budowle ufundował Piotr Czerny z Witowic. W pierwszej połowie XVIII w. do kościoła dobudowano wieżę. Dzisiejszy jego wygląd jest wynikiem przebudowy po pożarze z 1768 r. W 1864 r. nastąpiła kasata zakonu bernardynek. Po wyjeździe sióstr budynki zostały przekazane księżom diecezjalnym. Po 1918 r. wróciły dobra do zakonu, jednak bernardynki odstąpiły je jezuitom (1920 r.).
Wnętrze kościoła pokryte jest iluzjonistyczną neobarokową polichromią, której twórcą był lubelski malarz Władysław Barwicki (1897 r.). W ołtarzu głównym znajduje się obraz z połowy XX w. przedstawiający św. Piotra Wątpiącego, namalowany przez Antoniego Michalaka.
Do kościoła wchodzi się obecnie od strony ul. Królewskiej, koło pomnika księdza Jerzego Popiełuszki.