Kapucyni przybyli do Lublina w 1721 r. W latach 1726-33, z fundacji Pawła Sanguszki, pochowanego później w podziemiach świątyni, oraz jego żony Anny z Lubomirskich, zbudowano dla nich kościół i klasztor. Autorem projektu był Karol Bay. Forma zewnętrzna i wystrój obu budowli miały podkreślać surową regułę, według której żyli zakonnicy. Fasada jest skromna i harmonijna, udekorowana pilastrami, spływami wolutowymi oraz figurami św. Piotra i Pawła. W centralnym miejscu szczytu znajduje się oko opatrzności.

Wnętrze kościoła jest surowe, bez złoceń i malowideł, dębowe ołtarze nie są polichromowane. Pożar z 1768 r. zniszczył dach i wyposażenie wnętrza; zostało ono odtworzone. W 1857 roku do świątyni dobudowano neogotycką kaplicę pw. Niepokalanego Serca Maryi, w której znajduje się wykonana z białego marmuru figura Matki Bożej autorstwa Władysława Oleszczyńskiego.

W 1864 roku Kapucyni zostali przeniesieni do Łomży, w klasztorze urządzono magazyny, a kościół oddano księżom diecezjalnym. Mienie wróciło do zakonu w 1919 roku.