Pierwotnie w miejscu seminarium znajdował się dwór należący do ariańskiej rodziny Lubienieckich oraz sąsiadująca z nim kaplica. Na początku XVII wieku teren nabył wicewojewoda lubelski Bernard Suchorabski, który w miejscu poprzednich zabudowań wzniósł późnorenesansowy pałac. W 1700 roku posiadłość zakupiło zgromadzenie misjonarzy św. Wincentego à Paulo, przybyłych do Lublina w celu kształcenia duchowieństwa. W latach 1719–1730 obok pałacu wzniesiono barokowy kościół pw. Przemienienia Pańskiego. Nad wystrojem jego wnętrza pracowali wysokiej klasy artyści: Eliasz Hoffman, Sebastian Zeisel oraz Szymon Czechowicz.

W 1890 roku do kościoła dobudowano neogotycką kaplicę, w której znajduje się ikonostas namalowany przez Jerzego Nowosielskiego. Obecnie, obok kleryków rzymskokatolickich, w seminarium kształcą się alumni obrządku bizantyńsko-ukraińskiego z Polski i Ukrainy.